Lihat sumber untuk Wine: Hapus aplikasi

Semua program Windows yang dijalankan menggunakan Wine dapat dihapus dengan cara:
* Menghapus folder .wine yang ada di /home/user
 $ rm -rf $HOME/.wine

* Beberapa program Windows juga menyimpan menu konfigurasi di folder lain. Hapus dengan cara:
 $ rm -f $HOME/.config/menus/applications-merged/wine*
 $ rm -rf $HOME/.local/share/applications/wine
 $ rm -f $HOME/.local/share/desktop-directories/wine*
 $ rm -f $HOME/.local/share/icons/????_*.xpm