IGOS Nusantara sejak tahun 2006 telah memiliki repositori sendiri. IGOS Nusantara telah menyediakan paket atau aplikasi yang disimpan dalam satu server. Pengguna tidak perlu lagi repot mengakses server lain atau server tambahan.
Penyediaan paket atau aplikasi agar independen idealnya dilakukan dengan melakukan kompilasi ulang berkas src.rpm dari distro induk. Misal IGOS Nusantara yang memakai basis Fedora 17 melakukan kompilasi src.rpm untuk menghasilkan paket *.ign8.rpm. Tiap satu rilis IGOS Nusantara ada banyak src.rpm yang harus dikompilasi ulang. Kompilasi ulang yang harus dilakukan untuk IGOS Nusantara 8 sebanyak 23.048 src.rpm (kompilasi 11.524 src.rpm untuk IGN8 32 bit dan kompilasi 11.524 src.rpm untuk IGN8 64bit).
Proses kompilasi sebagian besar dilakukan dengan memakai skrip. Skrip mengakses satu persatu berkas src.rpm. Satu skrip yang berisi daftar 11.524 src.rpm kemudian dipecah menjadi tujuh skrip (skrip1, skrip2 sampai skrip7). Tujuh skrip kemudian dijalankan secara berbarengan atau paralel. Ada dua server yang dipakai untuk kompilasi ulang, server pertama untuk kompilasi ulang versi 32 bit, server kedua untuk kompilasi ulang versi 64 bit. Proses kompilasi yang dijalankan paralel sebanyak 7 proses dapat memakai 100% atau seluruh prosesor. Beban terbesar yang dipantau memakai utiliti htop sebesar 29.80.
Kompilasi ulang 11.524 src.rpm untuk IGN8 64bit tidak semuanya berhasil dikompilasi. Berkas *.fc17.src.rpm yang sukses dikompilasi dapat dihitung dari berkas *.ign8.src.rpm yang dihasilkan, yaitu ada 10.066 src.rpm, sisanya src.rpm yang gagal sebanyak 2.458 src.rpm. Ada beragam penyebab kegagalan kompilasi. Pengembang IGOS Nusantara harus melakukan penelusuran dan kompilasi ulang untuk src.rpm yang gagal dikompilasi di tahap awal.